城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶
史莱克原以为可以和费奥娜在沼泽地过上自由散漫的生活，谁知道费奥娜的父亲，变成青蛙的“遥远王国”国王病重，史莱克和费奥娜不得不放弃自由，继承王国。对史莱克而言，“祸不单行”:费奥娜怀孕了，显然他没有做好
故事发生在大都会之战18个月后，在那场战斗中许多建筑和市民惨遭波及因为超人帮助人类解决了很多问题而被当做神来膜拜，但超人也因与佐德之战对城市造成的破坏而遭到逮捕和审讯，一度成为都市传说的蝙蝠侠韦恩重新
